Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
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python [Le 02/10/2023, 09:37] bcag2 [Python 3 et Ubuntu] info obsolètes (16.04) |
python [Le 17/10/2024, 12:09] (Version actuelle) bcag2 [Anaconda] licences payantes pour certains usages |
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| Terminal | Terminal | ||
| ===== Installation ===== | ===== Installation ===== | ||
| - | ==== Python 2 ==== | ||
| - | Python 2 est installé par défaut, il suffit de taper ''python'' dans un terminal pour accéder à l'interpréteur. \\ Pour Bionic 18.04, c'est la version 2.7 qui est installée. | ||
| - | |||
| - | <note warning> Python 2.7 est en fin de vie depuis le 1er janvier 2020. Il est recommandé de passer à Python 3 car Python 2 n'est plus supporté. Une future version du PIP abandonnera la prise en charge de Python 2.7. Plus de détails sur le support de Python 2 dans PIP : https://PIP.PYPA.IO/fr/Latest/Development/release-process/#python-2-support </note> | ||
| - | |||
| ==== Python 3 et Ubuntu ==== | ==== Python 3 et Ubuntu ==== | ||
| Ligne 98: | Ligne 93: | ||
| Ubuntu [[:18.04]] est livrée avec //Python 3.6// par défaut, il suffit de taper ''python3'' pour l'invoquer.\\ | Ubuntu [[:18.04]] est livrée avec //Python 3.6// par défaut, il suffit de taper ''python3'' pour l'invoquer.\\ | ||
| Sous [[:focal]] c'est //Python 3.8//, accessible avec ''python'', python 2 n'étant plus installé par défaut !. | Sous [[:focal]] c'est //Python 3.8//, accessible avec ''python'', python 2 n'étant plus installé par défaut !. | ||
| + | |||
| + | ==== Python 2 ==== | ||
| + | Python 2 est installé par défaut jusqu'à [[:Bionic]] (version 2.7), il suffit de taper ''python'' dans un terminal pour accéder à l'interpréteur. | ||
| + | |||
| + | <note warning> Python 2.7 est en fin de vie depuis le 1er janvier 2020. Il est recommandé de passer à Python 3 car Python 2 n'est plus supporté. Une future version du PIP abandonnera la prise en charge de Python 2.7. Plus de détails sur le support de Python 2 dans PIP : https://PIP.PYPA.IO/fr/Latest/Development/release-process/#python-2-support </note> | ||
| ==== Les modules ==== | ==== Les modules ==== | ||
| Ligne 120: | Ligne 120: | ||
| ==== Anaconda ==== | ==== Anaconda ==== | ||
| + | <note warning>La société Anaconda a fait des changements de licences qui peuvent entraîner la nécessité de payer pour accéder à certaines librairies.\\ | ||
| + | Il existe plusieurs alternatives, notamment :\\ | ||
| + | * Micromamba : https://mamba.readthedocs.io/en/latest/user_guide/micromamba.html | ||
| + | * Pixi : https://pixi.sh/latest/ | ||
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| + | Pixi semble être la solution la plus ergonomique pour gérer des environnements conda sans Anaconda ni Miniconda. Pixi présente pas mal d'avantages (https://prefix.dev/blog/pixi_a_fast_conda_alternative) et est très orienté science (https://prefix.dev/blog/pixi_for_scientists) | ||
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| + | Enfin, il faut surtout désactiver le canal "defaults" des environnements conda en mettant "nodefaults" à la place (par exemple : https://github.com/pierrepo/env-logiciels-bioinfo/blob/main/cours/rnaseq.yml). En effet, conda va toujours utiliser ce canal "defaults" qui appartient à Anaconda.</note> | ||
| Anaconda est une suite d'outils (plus de 200 paquets et plus de 500Mo) allant de l'éditeur [[:spyder|Spyder]] au framework [[:qt|Qt]] et [[:pyqt|PyQt]], en passant par [[https://jupyter.org/|jupyter]] pour les notebook, et de nombreuses librairies de programmation, //pip// et //pep8//…\\ | Anaconda est une suite d'outils (plus de 200 paquets et plus de 500Mo) allant de l'éditeur [[:spyder|Spyder]] au framework [[:qt|Qt]] et [[:pyqt|PyQt]], en passant par [[https://jupyter.org/|jupyter]] pour les notebook, et de nombreuses librairies de programmation, //pip// et //pep8//…\\ | ||
| Pour l'installer, reportez-vous à la page dédiée sur le site officiel:\\ | Pour l'installer, reportez-vous à la page dédiée sur le site officiel:\\ | ||