(Inexactitudes possibles attention, non approfondi et écrit par un non spécialiste! Mention à supprimer si inutile après corrections éventuelles.)
Lors de la création d'une partition en format ext4 (ou ext3 ou 2), 5% de l'espace disque est automatiquement réservé à l'écriture d'informations pouvant être utiles à la sécurité ou la récupération de données, cet espace est donc enlevé de votre usage personnel (installation de logiciels, enregistrement de fichiers…). Une taille de 1Go (voire 200Mo?) semble suffisante (?), mais pour 100Go, 5Go sera réservé, et pour 2To, ce sera 100Go. Et cette fonctionnalité semble utile uniquement pour les partition "/" (ou /var si vous en avez une), et pas sur les partitions "/home" ou les "partitions de données" si vous en avez (ou bien en conserver une peut éviter de la fragmentation de fichiers?).
2 solutions possibles par exemple:

• Garder leur grande taille aux partitions où l'espace réservé est utile ("/" a priori) mais réduire cet espace.
  Pour cela passer la commande

sudo tune2fs -m n /dev/sdxn

n: est à 5 par défaut, mettre à 1, 1.2, etc selon ce que vous voulez.

xn: identifier votre partition avant de passer la commande.
*Réduire ces partitions où cela est utile, et y conserver cet espace réservé dont la taille sera d'autant réduite (ce qui ne vous empêche pas pour autant d'encore modifier cette taille via la commande précédemment indiquée si vous le voulez).
Puis créer (si ce n'est déjà fait) une partition réservée aux données (vidéos, audio, isos Linux...), car une telle partition qui a des chances d'être la plus grande en taille n'a pas usage de l'espace réservé (?), et il peut donc y être mis à 0 (ou garder par exemple 100Mo si cela évite la fragmentation?).